Współpraca Stacja Limnologiczna stale współpracuje z poniższymi instytucjami: Pomorski Zespół Parków Krajobrazowych Centrum Zrównoważonego Rozwoju Stowarzyszenie Instytut Ochrony Krajobrazu Pomorza Fundacja Ochrony Wielkich Jezior Mazurskich Instytut Meteorologii i Gospodarki Wodnej Państwowy Instytut Badawczy
